活性炭在裝入過濾器前，應在底部和頂部加鋪２～３厘米厚的海綿，作用是阻止藻類等大顆粒雜質滲透進去。過濾的水應緩慢地流出過濾層。新的活性炭在第一次使用前應洗滌潔凈，否則有墨黑色水流出。活性炭最好是放在網袋中然后再將它系緊固定。裝滿活性炭的袋子可以放在外部的過濾器中，或放在滴流式過濾器的水槽中。必要時，可以強迫全部的水流通過活性炭，但在某種情況下這會增加過濾器運轉的阻力并減低其效用。

    水族箱建議使用椰殼活性炭，椰殼活性碳吸附能力較高，視密度(假比重)大多低于0.45g/ml，灰分大多低于5%，當活性碳的比重和灰份越低，可表示其內沒有太多無機鹽類和雜質等，孔隙所占的比率就較高。一般來說，活性炭顆粒越小，過濾面積就越大。所以，粉末狀的活性炭總面積最大，吸附效果最佳，但粉末狀的活性炭很容易隨水流入水族箱中，難以控制，很少采用。

    顆粒狀的活性炭因顆粒成形不易流動，水中有機物等雜質在活性炭過濾層中也不易阻塞，其吸附能力強，攜帶更換方便。活性炭的吸附能力和與水接觸的時間成正比，接觸時間越長，過濾后的水質越佳。活性炭在使用初期的吸附效果很高。但時間一長，活性炭的吸附能力會不同程度地減弱，吸附效果也隨之下降。如果水族箱中水質混濁，水中有機物含量高，活性炭很快就會喪失過濾功能。所以，活性炭應定期清洗或更換。?一般活性炭使用２～３個月后，如果過濾效果下降就應調換新的活性炭，海綿層也要定期更換。

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